STC beskylder Jemens internasjonalt anerkjente regjering, under ledelse av eksilpresident Abd Rabbo Mansour Hadi, for ikke å overholde sine forpliktelser i en maktdelingsavtale.
Separatistene er i likhet med regjeringen alliert med koalisjonen som ledes av Saudi-Arabia, og som kjemper mot Houthi-opprørerne i landet.
Men STC nyter også stor støtte fra De forente arabiske emirater, og den dype splittelsen mellom koalisjonspartnerne var et faktum da separatistene rykket inn i Aden i august.
– Kan få fatale konsekvenser
Saudi-Arabia meklet i november fram maktdelingsavtalen, som ble hyllet som et mulig skritt mot å få en slutt på den større konflikten i Jemen og hindre fullstendig oppløsning av landet. Men avtalen er ikke blitt implementert.
Selvstyret i Aden og andre sørlige provinser begynte angivelig ved midnatt natt til søndag. Da erklærte STC unntakstilstand og anklaget regjeringen for korrupsjon og vanstyre.
Hadi-regjeringen avviser erklæringen og ber verdenssamfunnet fordømme det de omtaler som et kupp.
Hadis utenriksminister Mohamed al-Hadhrami mener uavhengighetserklæringen vil få katastrofale konsekvenser og skriver på Twitter at overgangsrådet vil være ansvarlig for følgene.
– Har bygget styrker i månedsvis
Hadis regjering og separatistene har i månedsvis beskyldt hverandre for brudd på fredsavtalen. De har over flere måneder bygget opp styrker med den hensikt å gjenoppta kampene seg imellom, ifølge Jemen-ekspert Peter Salisbury i tankesmia International Crisis Group. Han sier at Saudi-Arabia ventes å gripe inn.
– Begge parter vil at saudiaraberne støtter deres side av saken, og Riyadh står virkelig i en skvis nå, sier Salisbury til nyhetsbyrået AP.
Aden ble Hadi-regjeringens hovedsete da Houthi-opprørerne erobret hovedstaden Sana i 2014. Men da separatistene rykket inn i august, flyttet regjeringen til Riyadh. Der ble maktdelingsavtalen signert i håp å få slutt på striden innad i koalisjonen og samle rekkene i kampen mot de Iran-støttede Houthi-opprørerne.
STC ønsker å gjenopprette et uavhengig Sør-Jemen som eksisterte fram til 1990.
Øyevitner forteller at STC-vennlige styrker er utplassert i store antall i Aden. Lørdag demonstrerte folk i byen mot dårlige offentlige tjenester, ifølge vitnene. Aden ble nylig rammet av oversvømmelser som krevde minst ti menneskeliv og førte til massive materielle skader.
Krigen i Jemen ble kraftig trappet opp da en koalisjon med Saudi-Arabia i spissen sluttet seg til kampen mot houthiene i 2015. Da hadde opprørerne erobret store deler av Nord-Jemen.
Krigen har krevd over 100.000 menneskeliv og utløst verdens verste humanitære krise, der millioner av mennesker trues av sult og mangel på medisiner og helsehjelp.
