Onsdag kveld var den oppe til en siste votering i underhuset, som også gikk enstemmig inn for å godkjenne den.
Dermed trer avtalen i kraft i løpet av kort tid. President Juan Manuel Santos, som er tildelt nobelpris for fredsarbeidet, sier at FARC-geriljaen nå har fem dager på seg til å begynne å forflytte seg. Avvæpningen av gruppen starter om 30 dager.
– Etter 150 dager skal de ha levert inn alle sine våpen til FN og Colombias væpnede revolusjonære styrker (FARC) vil ha sluttet å eksistere, sa Santos i forkant av avstemningen.
Avtalen skisserer en tidslinje for hvordan de 5.800 gjenværende FARC-soldatene skal demobiliseres til 27 «fredssoner» i en FN-overvåket prosess.
Ingen ny folkeavstemning
Tidligere i høst ble det første forslaget til fredsavtale nedstemt av folket, men det er ikke planer om å sende den nye avtalen ut til folkeavstemning.
Den nye avtalen inneholder om lag 50 endringer i forhold til den forrige, endringer som skal dempe kritikk fra ekspresident Alvaro Uribe og hans tilhengere.
Men FARC har ikke villet gå med på opposisjonens krav om at opprørere som har begått overgrep, skal dømmes til fengsel, ikke samfunnsstraff. FARC har også avvist krav om strengere restriksjoner på gruppas mulighet til politisk deltakelse.
Kritikere har hevdet at den reviderte avtalen kun er en omarbeidet versjon av den første, og at regjeringen bør være strengere mot lederne av FARC-geriljaen.
Flere års arbeid
FARC og regjeringen har forhandlet i flere år for å komme fram til avtalen. Over 220.000 mennesker er drept i borgerkrigen, og seks millioner er drevet på flukt.
FARC-geriljaen har i over 50 år kjempet for jordreform og sosiale endringer for å minske økonomiske ulikheter i landet. Men mange avskyr gruppa som følge av alle bortføringene og narkotikahandelen som har finansiert krigen.
Avtalen er ment å sikre geriljasoldatene en vei tilbake i samfunnet.
Norge har sammen med Cuba vært tilrettelegger for fredsforhandlingene.